Third Children - Protagonista indiscusso della serie. In apparenza un ragazzo normalissimo Shinji è stato addestrato e poi selezionato per pilotare EVA ed è il pilota esclusivo dell' EVA 01. E' introverso, debole e stenta a maturare poichè ha subito un trauma quando fu abbandonato dal padre all'età di 4 anni e allevato dai nonni. Quando Shinji arriva a Neo Tokyo 3, per volere del padre, lo ritrova dopo 10 anni ma non sembra mostrare nessun interesse per lui ma quando pilota l' EVA 01 rivela la sua violenza repressa. Una volta a Neo Tokyo 3 sarà sotto la tutela della signorina Misato con la quale andrà a vivere. Shinji è molto attratto da Rei Ayanami pilota esclusivo dell' EVA 00.

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